Ubuntu 12.04 Skype tray icon unity

$ sudo apt-get install dconf-tools
$ dconf-editor

Добавить Skype в строку systray-whitelist в ветке desktop -> unity -> panel

['JavaEmbeddedFrame', 'Skype', 'Wine', 'Update-notifier']

После рестарта пользовательской сессии иконка Skype появится

Источник: http://korenkov.info/ubuntu-1204-skype-tray-icon