Останавливаем сервер MySQL
# service mysqld stop
И запускаем с несколькими ключами ключами
# /usr/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables --user=root &
Подключаемся
# mysql -u root
Создаем SQL запрос
mysql>UPDATE mysql.USER SET Password=PASSWORD('Ваш новый пароль')
WHERE USER='root';
mysql>FLUSH PRIVILEGES;
mysql>quit
Bye
Перезапускаем сервер и можно входить с новым паролем.
# service mysqld restart
Источник: http://www.tux.in.ua/articles/2496
